水產養殖硫酸銅用後1-2天即可解毒。硫酸銅可用來防治各類魚病，比如卵鞭蟲病、隱鞭蟲病、魚波豆蟲病、毛管蟲病、車輪蟲病等及其甲殼動物造成的魚病。可用硫酸銅進行魚種藥浴，可以有效的消滅掉魚表皮和魚鰓上的病菌、原蟲，同時，硫酸銅對於未產生胞囊的粘胞子蟲也有一定的效果。
還能用硫酸銅對魚種的專用工具以及食物進行消毒。硫酸銅也能夠控製有害藻類生長，可以消除掉因為青泥苔及絮狀藻類植物粘附，所造成的魚、蝦、蟹及螺蚌的病蟲害。
水產養殖業需要使用硫酸銅時，其用量的掌控是一個非常值得探討的問題。在水產養殖業中硫酸銅用量與水體肥度、有機物和懸浮物含量、鹽度、pH值成正比，因此在水產養殖用硫酸銅時要具體分析池中的具體情況，投入適當的用量。
因為不同的魚類對硫酸銅的適應度不一樣，所以在對不同魚類的水產養殖池塘應使用不同用量的硫酸銅，如：鮭魚苗的養殖池中銅離子的含量不應超過0.012mg/L，因為當超過這個值是鮭魚苗攝食量明顯減少，超過0.017mg/L時會直接停食；白鰱對硫酸銅的50%的回避濃度是0.3ppm。此外當硫酸銅濃度低於0.5ppm時對魚的寄生蟲沒有殺滅作用，超過0.8ppm時又易引起魚的中毒死亡。
因為硫酸銅在使用過程中會其銅離子容易在生物體內蓄積，引起魚的腎壞死、造血功能下降、降低腸道消化酶的活性，引起消化係統紊亂，所以水產養殖用硫酸銅用量需謹慎，投入前要經過詳密的思考與計算。
