治療：將藥物添加在飼料中預防哺乳仔豬球蟲病，效果不理想；把藥物加入飲水中或將藥物混於鐵劑中可能有比較好的效果；個別給藥是治療本病最佳效果。磺胺類：磺胺二甲基嘧啶、磺胺間甲氧嘧啶、磺胺間二甲氧嘧啶等，連用7～10天。抗硫胺素類：氨丙啉、複方氨丙啉、強效氨丙啉、特強氨丙啉、SQ氨丙啉，每千克體重20毫克，口服。均三嗪類：殺球靈、百球清，3～6周齡的仔豬口服，每千克體重20～30毫克。莫能黴素，每1000千克飼料加60～100克；拉沙黴素，每1000千克飼料加150毫克，喂4周。