羊肚菌按照其子實體顏 {MOD}可以分爲三個菌種：黑羊肚菌、黃羊肚菌、變紅羊肚菌。按照真菌分類學，羊肚菌有三十個種，常見的有：小頂羊肚菌、尖頂羊肚菌、粗柄羊肚菌、小羊肚菌、開裂羊肚菌、高羊肚菌、羊肚菌和硬羊肚菌等。在我國可以實現人工栽培的羊肚菌有4種：梯棱羊肚菌、六妹羊肚菌、七妹羊肚菌和羊肚菌。