金魚藻屬於被子植物，也屬於沉水植物。被子植物的特徵是有花，而金魚藻有花。金魚藻的花較小，爲單性花，每1至3朵單生於節部葉腋，具有極短的花梗，其總苞深裂，總苞片有8至12枚，爲條形。