金魚藻屬於被子植物，也屬於沉水植物。金魚藻的花較小，爲單性花，每1至3朵單生於節部葉腋，花梗較短。金魚藻的子房爲卵形，花柱爲鑽狀。其花期在6至7月，果期在8至10月。金魚藻雄花成熟後，雄蕊會脫離母體，進行授粉。