龍眼的病害多達50種，但對龍眼生長、產量和品質的影響並不嚴重。龍眼最重要的病害爲鬼帚病，係病毒造成的。染病後會造成枝葉畸形，葉片狹小，捲曲不展，常成禿枝叢生狀，病花穗叢生成短簇狀而不能正常開花結實。龍眼的蟲害主要有荔蝽，爲害嫩芽、花穗、嫩梢及幼果，常導致大量落花、落果或顆粒無收。對於這類病蟲害的防治關鍵是以農業措施爲主、化學防治爲輔的無害化防治辦法，保證產品達到綠 {MOD}標準。農業防治方麵，要選用抗病優良品種，合理佈局，實行輪作倒茬，清潔田園，加強中耕除草，降低病蟲源數量，培育無病蟲害壯苗。化學防治方麵，使用藥劑防治時，應執行輪換交替用藥，防止和推遲病蟲害抗性的發生和發展。交替用藥，注意用藥的連續性和安全間隔期。