大量的鳳眼藍覆蓋水麵會使水的PH值降低；CO2濃度增高；水的嗅值濃度、 {MOD}度增高；水中的酸度也增加，使水資源的使用價值大大降低，直至不能飲用對城鄉飲用水供水造成危害。