黑藻多生長在我國湖北、四川、雲南、福建、臺灣、貴州等地區，有的也生長在黑龍江、河北、山東、陝西等地區。黑藻適宜在淡水中生長，不適宜在微酸性和微鹼性的水體中生長，它在生長過程中對溫度的要求很高。